Genf – Die Entstehung weiterer, stärker infektiöser Varianten des COVID-19-Virus droht die globale Erholung zu verlangsamen und möglicherweise die derzeitige Impfstoffimmunität zu vereiteln. Um Regierungen und Medizinern dabei zu helfen, diese Varianten schneller zu identifizieren und darauf zu reagieren, haben die Oxford University und Oracle ein Global Pathogen Analysis System (GPAS) geschaffen, das die Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) von Oxford mit der Leistungsfähigkeit der Oracle Cloud Infrastructure (OCI) kombiniert. Diese Initiative baut auf der Arbeit eines vom Wellcome Trust finanzierten Konsortiums auf, zu dem Public Health Wales, die University of Cardiff und Public Health England gehören.
Erstmals für Tuberkulose eingesetzt, wird SP3 nun für die Vereinheitlichung, Standardisierung, Analyse und den Vergleich von Sequenzdaten von SARS-CoV-2 eingesetzt, um annotierte genomische Sequenzen zu ermitteln und neue und bedenkliche Varianten zu identifizieren. Die Verarbeitungsfähigkeit von SP3 wurde durch umfangreiche neue Entwicklungsarbeiten von Oracle verbessert, die eine hohe Leistung und Sicherheit sowie eine weltweite Verfügbarkeit des SP3-Systems in der Oracle Cloud rund um die Uhr ermöglichen. Das SP3-System liefert nun umfassende und standardisierte Ergebnisse von COVID-19-Analysen innerhalb von Minuten nach der Einreichung auf internationaler Ebene. Die Ergebnisse werden mit Ländern rund um den Globus in einer sicheren Umgebung geteilt.
In Verbindung mit den umfangreichen Funktionen für maschinelles Lernen in der Oracle Cloud können die beteiligten Wissenschaftler, Forscher und Behörden weltweit zum ersten Mal eine grosse Sammlung von COVID-19-Erregerdaten verarbeiten, analysieren, visualisieren und darauf reagieren. Dies beinhaltet die Identifizierung von Varianten und deren potenzielle Auswirkungen auf die Wirksamkeit von Impfstoffen und Behandlungen. Analytische Dashboards im System zeigen unter anderem, welche spezifischen Stämme sich schneller verbreiten als andere und ob genetische Merkmale zu einer erhöhten Übertragbarkeit und Mutation beitragen. Oxford hat bereits die Hälfte der weltweiten SARS-CoV-2-Sequenzen verarbeitet, insgesamt mehr als 500.000 Stück.
«Es gibt einen erheblichen Bedarf an globaler Zusammenarbeit bei der genomischen Sequenzierung und Untersuchung von COVID-19 und anderen Krankheitserregern», sagte Oracle Chairman und CTO, Larry Ellison. «Das erweiterte SP3-System wird einen globalen Standard für die Erfassung und Analyse von Erregerdaten etablieren und damit medizinischen Forschern ermöglichen, das COVID-19-Virus und andere mikrobielle Bedrohungen für die öffentliche Gesundheit besser zu verstehen.»
Der nächste Schritt wird darin bestehen, diesen Prozess auf alle Krankheitserreger zu erweitern und gleichzeitig mit Wissenschaftlern aus Forschungseinrichtungen, Behörden des öffentlichen Gesundheitswesens und privaten Unternehmen zusammenzuarbeiten, um sicherzustellen, dass diese Arbeit in die Entscheidungsfindung für Pandemie-Reaktionsstrategien weltweit einfliessen kann.
Die Plattform wird für Forscher und gemeinnützige Organisationen weltweit kostenlos nutzbar sein. Die ganze Meldung können Sie hier lesen. (Oracle/mc/ps)
